ΒΑΣΙΚΕΣ ΑΡΧΕΣ ΣΧΕΔΙΑΣΜΟΥ ΦΑΡΜΑΚΩΝ

Διδάσκουσα: Ε. Μικρός (Καθηγητής), Α. Κουρουνάκη (Αν. Καθηγήτρια) Ε. Γκίκας (Επ. Καθηγητής), Γ. Λαμπρινίδης (ΕΔΙΠ)

Περιεχόμενο:

Το μάθημα αναφέρεται στον ορθολογικό σχεδιασμό φαρμάκων και ενώσεων βιολογικού ενδιαφέροντος. Το μάθημα περιλαμβάνει φροντιστηριακές και εργαστηριακές ασκήσεις υποχρεωτικής παρακολούθησης.
Η προσέγγιση γίνεται μέσω ανάπτυξης κλασσικών και σύγχρονων απόψεων για τον Σχεδιασμό φαρμάκων με βάση τα παρακάτω θέματα:

Στόχοι Φαρμάκων:
-Δομή πρωτεϊνών, δεσμικές αλληλεπιδράσεις πρωτεϊνών-προσδετών.
-Ενζυμα και υποδοχείς (GPCR, δίαυλοι, ενδοπυρηνικοί υποδοχείς) 

Ανακάλυψη "οδηγού" ένωσης. Βιοχημεία των νόσων και σχεδιασμός φαρμάκων. Προσέγγιση μέσω του μοριακού μηχανισμού της δράσης φαρμάκων 

Βελτιστοποίηση "οδηγού" ένωσης. Επίδραση λειτουργικών ομάδων και στερεοχημείας/εναντιομέρειας στις αλληλεπιδράσεις φαρμάκου-υποδοχέα (και γενικότερα στη βιολογική δράση ενώσεων). Ισοστερείς ενώσεις, ομάδες. Βιοισοστέρεια.

Σχεδιασμός μέσω ρετρομεταβολικής προσέγγισης (Retrometabolic drug design)

Σχεδιασμός Προφαρμάκων και Χημικών Συστημάτων Αποδέσμευσης (CDS)

Σχεδιασμός Σκληρών και Μαλακών Φαρμάκων

Σχεδιασμός Πολυστοχευόντων φαρμακομορίων (Multi-target Drug Design)

Φυσικοχημικές ιδιότητες:

Προσδιορισμός λιποφιλικότητας, διαλυτότητας, βαθμού ιονισμού (pKa), in silico υπολογισμοί, χρωματογραφία τεχνιτών μεμβρανών, QSAR (Ποσοτικές Σχέσεις Δομής Δράσης)

Ταυτοποίηση στόχου, μεθοδολογίες βιοχημικές, φαρμακολογικές, γενομικής, βιοπληροφορικής, δομής και λειτουργίας, ακτίνων-Χ, ΜS

Τεχνικές Μαζικού Φαρμακολογικού Ελέγχου, HTS (High Throughput Screening): DSF, SPR, NMR

Μοριακή προσομοίωση:

Προσομοιώσεις δομής μορίων μικρού μοριακού βάρους, Μοριακή μηχανική, Μοριακή δυναμική, προσομοίωση της δομής πρωτεϊνών με βάση την ομολογία (homology modelling).

Αλληλεπιδράσεις πρωτεΐνης-προσδέτη, θερμοδυναμική της αλληλεπίδρασης. Σχεδιασμός φαρμάκων βασισμένος στον υποδοχέα - Σχεδιασμός φαρμάκων βασισμένος στον προσδέτη, υπολογισμοί πρόσδεσης(docking), Εικονική αξιολόγηση μοριακών βιβλιοθηκών (in silico screening), Βελτιστοποίηση οδηγού ένωσης με την βοήθεια Η/Υ
(Denovo), Σχεδιασμός βασισμένος σε Θραύσματα (Fragment Based Drug Design) Χημειοπληροφορική και φαρμακολογία συστημάτων, Είδη λογισμικού (software).

Επιτυχημένες περιπτώσεις

Πρακτική άσκηση, εργαστηριακή και στον Η/Υ.