Το Τμήμα Φαρμακευτικής διαιρείται σε Τομείς. Κάθε Τομέας συντονίζει τη διδασκαλία μέρους του γνωστικού αντικειμένου του Τμήματος που αντιστοιχεί σε συγκεκριμένα πεδία της επιστήμης της Φαρμακευτικής.
Τα διοικητικά όργανα κάθε Τομέα είναι η Γενική Συνέλευση και ο Διευθυντής.
Ο Διευθυντής του Τομέα εκλέγεται από τα μέλη της Γενικής συνέλευσης του Τομέα.
Η Γενική Συνέλευση του Τομέα απαρτίζεται από τα μέλη Δ.Ε.Π. του Τομέα, εκπροσώπους των φοιτητών (έως δύο), και ανά ένας εκπρόσωπος του Ε.Ε.ΔΙ.Π., του Ε.Τ.Ε.Π. και των μη διδακτόρων Βοηθών, Επιστημονικών Συνεργατών και Επιμελητών από αυτούς που έχουν τοποθετηθεί στον Τομέα.
Το Τμήμα Φαρμακευτικής περιλαμβάνει τους ακόλουθους Τομείς:
Στο Τμήμα Φαρμακευτικής έχουν ιδρυθεί τα παρακάτω εργαστήρια: